După lovitura de Stat a Generalului Antonescu, din 21-23 Ianuarie 1941, s-a dezlănţuit o noua prigoană contra Legiunii, care a intrat în istorie sub numele de prigoana antonesciană. Deşi atât Generalul Antonescu cât şi armata germană aflătoare în România îşi luaseră angajamentul – când Horia Sima a dat ordinul de încetare a rezistenţei – că nici un legionar nu va avea nimic de suferit de pe urma aşa-zisei rebeliuni, de a doua zi după ce aceştia au evacuat clădirile publice, au început urmăririle şi arestările. Mii de legionari au luat din nou drumul închisorilor, neavând altă vină, decât că au aparat fiinţa unui Stat pe care îl credeau al lor, căci purta pe frontispiciu numele de „Stat naţional-legionar”. Generalul Antonescu, ca şi Regele Carol în 1938, devenise sperjur faţă de Constituţia în vigoare, călcându-şi propria lui semnătură.

În timp ce prigoana carlistă a avut un caracter selectiv, urmărind să fie ucise cadrele conducătoare ale mişcării, prigoana antonesciană s-a dezlănţuit de-a valma, lovind deopotrivă atât pe puţinii conducători ce-au mai rămas în viaţă din vechea elită legionară cât şi masele legionare. Orice legionar, fie el muncitor, ţăran sau intelectual, tânăr sau în vârstă, bărbat sau femeie, nefiind cruţaţi nici copii de şcoală, era ridicat de acasă, dat în judecată şi condamnat, dacă se putea dovedi că a participat la aşa zisa rebeliune. Şi nu era mare lucru să se umple cu legionari închisorile, căci întreg poporul s-a ridicat atunci ca un singur om ca să apere regimul legionar.

Justiţia antonesciană nu mai avea nimic comun cu justiţia propriu zisă. Sentinţele se dădeau din ordin. Cea mai mică pedeapsă era de 5 ani, iar cele mari de la 25 de ani înainte. Preşedinţia Consiliului fixa pe dosarul fiecărui inculpat câţi ani de închisoare trebuie să primească, iar tribunalele militare nu făceau altceva decât să îmbrace în forma legală pedeapsa dictată de Antonescu. Apărarea era scoasă din funcţiune. Infamia ce se întâmplase pe timpul lui Carol, când un tribunal militar a condamnat din ordin pe Căpitan şi pe ceilalţi fruntaşi legionari, acuma se realiza la scară naţională.

Justiţia antonesciană funcţiona cu precizia unei ghilotine. Obiectivul acestei prigoane era nu numai să distrugă tot ce-a mai rămas viu din vechile cadre legionare, dar să provoace şi o sângerare cumplită, în rândurile tineretului legionar. După izbucnirea războiului, s-a adăugat acestor crime săvârşite în numele justiţiei şi sistemul diabolic al „reabilitării după moarte”. Legionarii erau trimişi pe front cu ordinul special din partea Marelui Stat Major ca să fie ţinuţi tot timpul în linia întâi şi să fie întrebuinţaţi în misiunile cele mai primejdioase. În modul acesta, Antonescu avea certitudinea că aproape nici unul dintre legionari trimişi pe front nu se va mai întoarce acasă. Într-adevăr, la scurt interval, familia primea anunţul că fiul sau soţul căzând pe front, „s-a reabilitat după moarte”. Legionarii nu aveau dreptul la decoraţii şi înaintări, iar cei ce avuseseră grade înainte, inclusiv de ofiţeri, erau degradaţi şi înrolaţi ca simpli soldaţi.

După primele zile de nedumerire, văzând că Antonescu nu îşi tine angajamentele luate, iar guvernul german nu pare dispus să intervină pentru a se pune capăt arbitrarului şi abuzurilor, legionarii care n-au putut fi capturaţi în primele zile şi-au îndreptat din nou speranţele salvatoare peste hotare. Scăpaţi din primul iureş de arestări nebune din partea lui Antonescu, s-au hotărât să ia din nou calea pribegiei. Dar încotro să apuce? Situaţia era extrem de grea acuma, deoarece însăşi calea spre Germania era blocată. Armata germană nu numai că participase, din ordinul lui Hitler, la distrugerea Statului naţional-legionar, dar Führerul Germaniei îi acordase lui Antonescu o încredere nelimitata ca să procedeze cum crede de cuviinţă. Din partea reprezentanţilor germani din România nu se manifesta nici cel mai uşor semn de bunăvoinţă pentru legionari, în sensul de a-i modera pornirile sangvinare ale Conducătorului. Cum să se refugieze legionarii urmăriţi în Germania, când starea de spirit ce domnia în sferele conducătoare de la Berlin era duşmănoasă lor ţi se puteau expune să fie extrădaţi?

Ajutorul a venit tot din Germania, dar nu de la cercurile oficiale care tratau cu Antonescu, ci de la unii membri marcanţi ai partidului naţional-socialist. Aceştia, după ce au cunoscut adevărul, sensibili la tragedia legionară, au intervenit pe lângă Hitler şi au obţinut din partea acestuia aprobarea ca să se înlesnească trecerea în Germania a legionarilor care au scăpat de arestări. Din acest moment, organele germane din România, armata, poliţia şi chiar consulatele au acordat ospitalitate legionarilor urmăriţi şi i-au ajutat să părăsească ţara.

Dar ochiului atoatevăzător al lui Antonescu nu i-a scăpat nici această posibilitate de salvare a legionarilor. A stăruit pe lângă guvernul german şi a obţinut până la urmă ca legionarii refugiaţi în Germania să fie internaţi. Într-un comunicat ce l-a dat în acel timp, vorbind de pedepsele ce le va aplica „rebelilor”, a pomenit şi deportarea. Cum însă România nu dispunea de o Siberie unde să deporteze pe legionari, afirmaţia lui Antonescu ni s-a părut bizară. În acel moment nu ştiam nimic de convenţia dintre Generalul Antonescu şi guvernul german pentru „deportarea” legionarilor, adică internarea lor în lagăre, căci dacă s-ar fi ştiut, mulţi legionari ar fi preferat să rămână ascunşi în ţară sau ar fi pribegit prin alte ţări.

În conjunctura de atunci a războiului, căile de pătrundere în Germania erau trei: prin Ungaria, prin Bulgaria şi prin Banatul sârbesc, după sfărâmarea Jugoslaviei. Ungurii au tratat foarte rău pe legionarii care s-au refugiat pe aici. Au fost ţinuţi luni de zile prin închisori, supuşi la cele mai mari umilinţe, şi numai cu mare greutate au fost eliberaţi şi li s-a dat voie să treacă în Austria. În schimb legionarii au fost primiţi cu cea mai mare prietenie în Bulgaria. Nu numai că s-au bucurat de toată libertatea, dar au fost şi ajutaţi să-si găsească locuinţă şi de lucru. Mitul lui Codreanu se răspândise în populaţia bulgară. Exista chiar o grupare cu numele de „Garda de Fier” în Bulgaria şi toate organizaţiile naţionaliste bulgare se interesau de mişcare. Venirea legionarilor români pe pământul lor era un prilej binevenit pentru aceste organizaţii ca să cunoască doctrina şi spiritualitatea mişcării. La rândul lor şi autorităţile bulgare au fost extrem de binevoitoare cu legionarii. Niciodată n-au dat curs demersurilor Legaţiei Române din Sofia şi chiar îi avertizau pe legionari când spioni ai Legaţiei voiau să se infiltreze printre ei. Din partea Bulgarilor, legionarii ar fi putut să-şi petreacă întreg exilul acolo, pe toată durata războiului, dacă nu ar fi intervenit alte forţe care îi prigoneau pretutindeni în Europa.

Convenţia cu Antonescu nu se referea numai la legionarii care călcaseră pământul Germaniei, ci avea aplicaţie în toate ţările unde guvernul Reichului dicta. Toţi legionarii, din toate aceste ţări, trebuia culeşi şi îndreptaţi spre Berlin. O singură direcţie de salvare le era îngăduită: spre lagărele de concentrare din Germania. Sistemul de urmărire a legionarilor în Europa era următorul: serviciul secret român detecta prezenţa unui grup legionar într-o ţară aflata sub controlul Puterilor Axei; aviza, Bucureştii, care, la rândul lui, intervenea la Berlin pentru a lichida acest focar de nelinişte, duşmănos lui Antonescu. Ministerul de Externe german dădea atunci ordin Legaţiei din ţară respectiva ca să evacueze acea zona de legionari. Operaţia se repeta ori de câte ori era nevoie, adică ori de câte ori se semnala formarea unui nou grup de refugiaţi legionari. Guvernele locale, cum era şi cel bulgar, nu puteau face altceva decât să se supună „diktatului” celui mai tare.

Un alt loc de refugiu care s-a deschis fugarilor legionari a fost Banatul sârbesc, după capitularea Jugoslaviei. Aici exista un grup numeros de români, gospodari de frunte şi simpatizanţi ai mişcării. Trecerea în Banatul sârbesc era uşoară, deoarece de ambele laturi ale frontierei erau sate româneşti. Peste 150 de legionari şi-au găsit scăparea în acest colţ de pământ românesc. Au fost primiţi împărăteşte. Ţăranii românii se îmbulzeau ca să-i aibă la ei în casă. Se crease o organizaţie legionară, sub conducerea lui Pavel Onciu, care se îngrijea de încartiruirea lor şi care totodată ţinea legătura şi cu autorităţile germane. În Banatul sârbesc, legionarii ar fi putut, ca şi în Bulgaria, să rămână acolo ca oaspeţi permanenţi, cu atât mai mult cu cât autorităţile germane locale, formate din şvabi, îi ocroteau, considerându-i camarazi de luptă, dacă nu ar fi vegheat ochiul neadormit al lui Antonescu. Iscoadele lui din Banat au raportat existenţa unui mare număr de fugari legionari la graniţa cu România şi imediat Generalul a alarmat Berlinul, care, la rândul lui, a dat dispoziţii la Belgrad ca să fie evacuaţi legionarii şi din această zonă. În Europa naţionalistă, legionarii nu-şi găseau nici un locşor unde să poată trăi în pace.

La Berlin i-a aşteptat pe legionari marea decepţie. Nimic nu transpirase până atunci din convenţia lui Antonescu cu guvernul german. Primii legionari sosiţi la Berlin au fost trataţi ca oameni liberi. Puteau să se ducă oriunde voiau şi să ia orice contacte. Foştii miniştri şi conducători ai Legiunii au fost încartiruiţi intr-o vilă din Ahornallee. Un alt grup de 49 legionari au fost cazaţi la Berkenbrück, o localitate lângă Fürstenwälde, într-o casă de odihnă a SS. Dar faza aceasta idilică, aparent binevoitoare, nu a durat mult. Se aştepta ceva pentru ca guvernul german să-oi dea arama pe faţă, punând în aplicare convenţia: sosirea lui Horia Sima la Berlin. Acesta fugise în Bulgaria şi de aici a fost adus cu un avion la Viena şi spoi cu trenul la Berlin. În 9 Aprilie 1941, se afla şi el în Ahornallee şi la câteva zile îşi face apariţia Franz Rademacher, delegatul Ministerului de Externe german, care comunică grupului de aici hotărârea guvernului german, luată de acord cu cel român, de a interna pe legionarii refugiaţi în Germania.

În 19 Aprilie, grupul conducătorilor legionari din Ahornallee este condus la Berkenbrück, în timp ce grupul legionar aflător până atunci în această localitate este transportat la Rostock, la Marea Baltică. Statutul ce li s-a fixat era de reşedinţă forţată. Nu aveau voie sa părăsească localitatea fără de aprobarea autorităţilor, le era interzise orice contacte cu ţara, chiar şi cu familiile lor. Legăturile de familie nu se puteau face decât prin mijlocirea Legaţiei germane din Bucureşti. În caz de călcare a acestor dispoziţii, erau ameninţaţi cu extrădarea.

Antonescu triumfa şi totuşi nu era mulţumit nici cu aceasta situaţie. În curând şi-a dat seama că puternicul grup legionar din Germania (ajunsese la 400) reprezenta o rezervă importantă, care putea oricând reface mişcarea din ţară. Dar ceea ce îl neliniştea şi mult era faptul că, fără să-şi dea seama, oferise Nemţilor o puternică armă contra lui însuşi. Acceptând „deportarea” legionarilor, căzuse în propria lui cursă. Guvernul german oricând putea face uz de acest grup de presiune legionar pentru a-l constrânge pe Antonescu să-i satisfacă cererile. De aceea, Generalul Antonescu şi-a fixat ca ţintă, din toamna anului 1942, să obţină lichidarea grupului din Germania, simţind că puterea lui Hitler slăbeşte. El îndrăzni să ceară, extrădarea legionarilor din Germania. Guvernul german nu îi dă această, satisfacţie, ci alege o cale intermediară; este dispus să-i scoată pe legionari din actuala stare de semi-libertate şi să-i interneze în lagăre de concentrare. Interesul Germanilor nu era să renunţe la această armă, care îşi dovedise de atâtea ori eficacitatea.

Internarea era fixată să se realizeze îndată după sărbătorile Crăciunului din 1942. Operaţia a fost turburată de plecarea lui Horia Sima în Italia. Comandantul mişcării voia să încerce să vorbească cu Mussolini, pentru a-l determina să intervină pe lângă Hitler cu scopul de a schimba statutul legionarilor refugiaţi în Germania. Blocarea lor politică putea avea grave repercusiuni, atât pentru soarta ţării cât şi pentru situaţia generală a războiului. Mussolini era prea slab în acel moment ca să-şi asume această sarcină şi a preferat să restituie „prizonierul” ţării de unde a venit.

La început toţi legionarii arestaţi au fost internaţi la Buchenwald, pentru ca mai târziu să fie împărţiţi în trei grupe: Horia Sima, Traian Borobaru şi Randa Alexandru, în lagărul Oranienburg-Sachsenhausen, de lângă Berlin; grupul conducătorilor legionari de la Berkenbrück, la care s-au adăugat Mile Lefter şi Petraşcu Nicolae, a fost internat la Dachau; grosul legionarilor a rămas la Buchenwald, unde li s-a construit un lagăr special în lagărul general, denumit Fichtenhain.

Aşa a rămas situaţia legionarilor până la 23 August 1944. Capitularea României a fost sincronizată cu un puternic atac aerian aliat contra lagărului din Buchenwald. Obiectivul acestui atac a fost cum s-a anunţat la Radio Londra, nimicirea efectivelor legionare din acest lagăr, pentru ca mişcarea să nu poată întreprinde vreo acţiune de salvare a României. Se bănuia că, după capitularea de la 23 August, guvernul german va scoate pe legionari din lagăre şi le va solicita sprijinul pentru a opri invazia sovietică în România. Ceea ce s-a şi întâmplat. A doua zi după capitularea Bucureştilor, Horia Sima este chemat la cartierul general al Führerului, din Rastenburg – Prusia Orientală şi, după întrevederile avute cu Himmler şi Ribbentrop, intră în acţiune pentru a organiza rezistenţa contra cotropitorilor bolşevici ai ţării noastre.

La Roma se formase o mică garnizoană legionară, constituită în mare parte din tineri veniţi pentru studii.

La acţiunea de eliberare a Romei, după ce guvernul Badoglio a anunţat armistiţiul în 8 Septembrie 1943, a participat, alături de fascişti, şi un grup de legionari români, în frunte cu Gheorghe Caraiani şi Şerban Ghermani. Şerban Ghermani s-a înrolat mai târziu în miliţia fascistă a Republicii din Salo şi a căzut într-o luptă din nordul Italiei cu partizanii.